Ponieważ ekspres do kawy jest urządzeniem, które pracuje w stałym kontakcie z wodą, narażony jest na osadzanie się kamienia, który regularnie należy usuwać. Częstotliwość czyszczenia zależy od twardości wody, a także od specjalnych filtrów. Jeśli je posiadamy, osadzanie się kamienia nie będzie częste i w rezultacie rzadziej będziemy zmuszeni odkamieniać nasz ekspres do kawy.
Odkamienianie ekspresu ciśnieniowego kolbowego nie należy do czynności łatwych i przyjemnych. Aby właściwie odkamienić taki ekspres do kawy należy w pierwszej kolejności wyjąć filtr ze zbiornika, a następnie w zbiorniku tym sporządzić roztwór odkamieniający ze specjalnych do tego celu tabletek, lub płynu. Następnie niewielką ilość roztworu przepuszczamy przez dyszę oraz kolbę i zostawiamy ekspres ciśnieniowy włączony na około 20 minut. Po ich upływie wlewamy pozostały roztwór i ponownie pozostawiamy włączone urządzenie na kolejne 20 minut. Na koniec napełniamy zbiornik świeżą woda i przepłukujemy dyszę i kolbę z pozostałości roztworu odkamieniającego.
